Подсолнечнику наносит большой вред подсолнечная моль (Homeosoma nebulellum Hb.). Самка ее откладывает яйца в трубчатые цветки. Молодые гусеницы питаются пыльцой, лепестками и другими частями цветка. Взрослые гусеницы вгрызаются в семянки, выедают их ядра полностью или частично. Корзинки пораженного растения покрываются паутиной, в них много засохших цветков, загрязненных экскрементами. Твердый и прочный панцирный слой надежно предохраняет семянки от повреждения гусеницами подсолнечной моли.
Выведение сортов подсолнечника с панцирными семянками — большая заслуга советских селекционеров.
В настоящее время районированные сорта подсолнечника содержат не менее 95—96% семянок с панцирным слоем.
Панцирность устанавливают по серовато-зеленоватому цвету семянок («зеленки») соскабливанием кожицы и пробкового слоя острым предметом, завариванием навески семян кипятком или обработкой в течение 30 мин смесью концентрированной серной кислоты (15 объемных частей) и двухромовокислого калия.
Тонкая прозрачная семенная оболочка в отдельных местах склеивается с плодовой оболочкой или с ядром. За семенной оболочкой расположен эндосперм из 1—2 рядов толстостенных угловатых клеток. Зародыш состоит из хорошо развитых семядолей с ростком и корешком.
Величина, форма и окраска семянки сильно варьирует по сортам.
Окраска может быть белой, серой, черной, черно-фиолетовой, однотонной или полосатой. Масса 1000 зерен от 20 до 200 г.
В центре корзинки обычно формируются мелкие семянки, а ближе к краю более крупные. Это ведет к тому, что партий подсолнечника получаются невыравненные, содержат семянки разного размера и неодинаково выполненные. В связи с неблагоприятными условиями созревания нередко образуется много пустых семянок.
Семянка подсолнечника содержит; 12,4—19,0% белков, 25,0— 52,0% жира, 13,0—27,0% клетчатки, 20,0—27,0% других углеводов, 1,8—5,1% минеральных веществ. Ядро (после снятия плодовой оболочки) содержит: 18,0—29,0% белков, 50,0—65,0% жира, 11,0—14,2% других углеводов, 1,7—4,0% клетчатки, 1,5—4,5% минеральных веществ.
Подсолнечник — перекрестноопыляющееся растение, что затрудняет классификацию его разнообразных форм и сортов. Это делают по строению семянок. Различают три основные группы подсолнечника: грызовой, масличный и межеумок (рис. 40).

Грызовой подсолнечник имеет высокий стебель, большое соцветие и крупные семянки. Масличный подсолнечник — более низкорослое растение, корзинка его меньших размеров и семянки мелкие. Межеумок занимает между ними промежуточное положение.
В таблице 53 приведены признаки групп подсолнечника по строению семянок.