ГТО зерна существенно влияет на биохимические свойства зерна и готовой продукции. Для данной партии зерна эти изменения зависят от метода и режимов обработки. При изменении влажности и температуры в зерне развиваются биохимические процессы, под влиянием которых происходит перераспределение химических веществ по анатомическим частям зерновки, появляются продукты гидролиза биополимеров и т. п.
Установлено, что клейковина слабой и сильной пшеницы не различается по химическому составу, а имеет один и тот же набор аминокислот и одинаковое соотношение глиадина и глютенина. Это позволяет при правильно подобранном режиме направленно изменять ее свойства. Например, при скоростном кондиционировании можно укрепить слабую клейковину, а крепкую — ослабить при холодном кондиционировании или же проводя обработку при температуре 30...35°С.
Определенное значение для характеристики муки, имеет содержание механически поврежденных при размоле крахмальных гранул. Установлено, что при влажности зерна пшеницы I типа 14,5...15,5% крахмальные гранулы в наибольшей степени подвержены повреждению, а при повышении влажности до 16...16,5% эта способность их резко снижается.
Под влиянием ГТО и биохимических процессов в зерне изменяется содержание в муке биологически активных соединений, а также минеральных веществ.
При ГТО крупяных культур происходит заметное изменение соотношения различных фракций белка. Наиболее чувствительны альбумины и глобулины, а при обработке овса — и проламины. В крупяном производстве применяют более жесткие режимы обработки, что вызывает снижение растворимости белков. Например, при пропаривании овса в течение 5 мин при давлении пара 0,15 МПа содержание нерастворимых белков составило 18,9%, при 0,30 МПа — 58,2, при 0,50 МПа — 67,8%, в то время как в исходном зерне только 10,9% (в расчете на сухое вещество белка). Свободные аминокислоты, а также образовавшиеся при гидролизе белков вступают в реакцию с сахарами, образуя трудногидролизуемые комплексы.